Unifap, em conjunto com a AGU, recorre da decisão judicial proferida pela 6ª Vara Federal Cível, Seção Judiciária do Amapá, que declarou a nulidade da política de bonificação regional. Outras universidades, como a do Amazonas (Ufam), Acre (UFAC), Pará (UFPA) e Rio Grande do Norte (UFRN) têm a bonificação. A exemplo da Ufam, o Ministério Público moveu ação judicial para retirar a bonificação e retornou, porque é constitucional.
